Desde línea de comando
MDTopX permite ser ejecutado desde la línea de comando pasando parámetros para configurar el cálculo. Para ello necesita de un archivo ASCII llamado MDTopx.INI en el mismo directorio desde donde se está ejecutando la llamada. En este archivo estarán las opciones de configuración.
Este archivo se puede escribir directamente con un editor de textos o se puede modificar a partir de las opciones almacenadas a partir de la última sesión del programa. Por ello, una posibilidad para generarlo sería calcular con los parámetros elegidos por el usuario desde la ventana de dibujo y salvar el archivo con estos parámetros. Para generar el archivo se puede hacer desde el botón de Opciones que aparece a pulsar el icono de MDTopX 
, en la esquina superior izquierda del programa
Esta modalidad de ejecución tiene la ventaja de que los archivos no son mostrados en pantalla, con lo que el ahorro en tiempo de cálculo de grandes archivos es considerable.
Las herramientas disponibles desde la línea de comando son las siguientes:
- Triangulación
- Curvado
- Perfiles
- Cubicación
- Comprobar MDT
- Proyectar sobre MDT
- Rejilla
- Sombreado
- Mapa de tintas hipsométricas
- Exportar modelos digitales del terreno
- Agregar modelos digitales del terreno
- Suavizar
- Pendientes
- Orientaciones
- Rupturas
- DEM
- Triangulación y curvado
- Triangulación y rejilla
- Triangulación y comprobar
- Referencia
- Borrar lados
- Transformar
- Ortofoto
- Superfice mágica
- Suelo de vial
- Suelo de FF.CC.
- Asfalto
- Raíles
- Líneas de vial
- Líneas de raíl